Podle Nejvyššího správního soudu musí správce daně umožnit uplatnění daňové ztráty minulých let jako položky snižující základ daně v průběhu daňové kontroly.
Předmětem sporu v projednávané věci bylo uplatnění daňové ztráty minulých let jako položky snižující základ daně během daňové kontroly. Poplatník měl za to, že ztrátu z minulých let lze uplatnit jak v rámci daňové kontroly, tak v rámci odvolacího řízení či jiného řízení, a to na základě projevu vůle poplatníka.
Naproti tomu správce daně se domníval, že daňová ztráta není okolností, kterou je správce daně povinen zohlednit, neboť jde o právo poplatníka, které si musí daňový subjekt uplatnit právně relevantním způsobem, tj. v řádném, popřípadě dodatečném přiznání k dani.
Nejvyšší správní soud argumentoval, že ustanovení zákona o daních z příjmů nelze vykládat tak, že umožňuje uplatnit daňovou ztrátu pouze prostřednictvím řádného či dodatečného přiznání k dani. Uplatní-li poplatník odečet ztráty v okamžiku zahájení daňové kontroly, tj. ještě před jejím samotným výkonem, je správce daně povinen odečet ztráty zohlednit. Takový výklad již v dávné minulosti potvrdil Ústavní soud. Podle zákona o správě daní a poplatků bylo tedy možné za splnění hmotně právních podmínek uplatnit daňovou ztrátu v rámci vytýkacího či odvolacího řízení, stejně jako i v okamžiku zahájení daňové kontroly, a to na základě poplatníkem…